Pejabat Naib Canselor Universiti Malaysia Kelantan (UMK) ditubuhkan pada 1 Oktober 2006 bersempena pelantikan Naib Canselor pertama. Pejabat Naib Canselor adalah pejabat pengurusan tertinggi dan utama di UMK. Pejabat ini bertanggungjawab untuk memastikan halatuju, perancangan polisi dan pembangunan UMK selari dengan hasrat penubuhan UMK berpandukan kepada Misi, Visi dan falsafah penubuhan UMK. Antara Pusat/ Unit di bawah Pejabat Naib Canselor adalah seperti berikut:

1. Pejabat Naib Canselor
2. Bahagian Pentadbiran
3. Pusat Komunikasi Korporat
4. Unit Audit Dalam
5. Pusat Strategik Universiti
6. Unit Integriti
7. Pusat Pengurusan Persekitaran Keselamatan Dan Kesihatan Pekerjaan
8. Pusat Islam UMK
9. Pusat Pengurusan Kualiti Universiti
10. Unit Perkhidmatan Orang Kurang Upaya
11. Bahagian Pengurusan, Pembangunan Wakaf Dan Zakat