Pejabat Canselori merupakan nadi pentadbiran sesebuah universiti yang menempatkan pejabat Naib Canselor dan Timbalan Naib Canselor Universiti. Penubuhan Pejabat Canselori UMK secara langsung adalah pada 1 Oktober 2006 bersempena pelantikan Naib Canselor pertama.

Pejabat Canselori adalah cermin yang memberikan gambaran umum terhadap UMK. Justeru, Pejabat Canselori mempunyai pelbagai unit yang bertanggungjawab untuk memberikan perkhidmatan yang terbaik kepada pelanggan UMK. Antara unit yang terdapat di Pejabat Canselori adalah seperti berikut:

• Pejabat Naib Canselor
• Bahagian Pentadbiran dan Kewangan
• Pusat Islam UMK
• Bahagian Perundangan dan Governans
• Unit Khas Perniagaan
• Unit Audit Dalam
• Pejabat Pentadbiran Kampus Kota
• Pejabat Pentadbiran Kampus Jeli
• UMK Entrepreneurship Institute (UMKei)
• Institut Perusahaan Kecil dan Sederhana (ISME)
• Projek Khas Empower ECER UMK

Setiap unit mempunyai fungsi utama yang bertujuan khusus untuk menguruskan hal-hal yang berkaitan pengurusan Universiti secara amnya dan Pejabat Canselori khususnya.